Le canari se croise facilement avec d'autres oiseaux de la famille des fringillidés. Certains hybrides sont stériles, comme celui issu du croisement entre canari et chardonneret élégant, appelé « mulet » par analogie avec l'hybride de l'âne et de la jument. D'autres sont féconds. En effet, un croisement entre canari et Chardonneret rouge du Venezuela donne des canaris de couleur orangée. Parmi les autres croisements possibles, il arrive que les bouvreuils pivoine femelles se croisent avec des canaris mâles.